Saison 1 · DARWIN'S INCIDENT

L'Alliance de Libération des Animaux, un groupe terroriste, prend d'assaut un institut de recherche et emmène une femelle chimpanzé enceinte.Quinze ans plus tard, Charlie, le humanzee mi-humain, mi-chimpanzé né cette nuit-là, entre au lycée.Il y devient ami avec Lucy, mais ils ignorent que leurs jours paisibles sont comptés.

L'ALA attaque New York et commet un attentat à la bombe meurtrier. Quand les liens passés de Charlie avec l'ALA refont surface, la ville gronde et le soupçonne d'être complice des terroristes.Impassible, Charlie continue d'aller au lycée, sans réaliser ce que lui réserve l'ALA, tandis qu'un homme mystérieux aborde Lucy.

Lucy rend visite à Eva, la femelle chimpanzé qui a enfanté Charlie, à l'Institut de recherche sur les primates Kornberg. Elle y rencontre le Pr Fowler qui lui confie des secrets sur cette naissance.Puis elle va dîner chez Charlie, et Hannah se réjouit qu'il ait une amie, sans savoir que les membres de l'ALA sont tapis dans l'ombre.

Charlie disparaît soudainement. Tandis que Bert et Hannah le cherchent partout, Charlie fait calmement face à Livera, Lippman et Ming de l'ALA. Il leur donne un ultimatum, et la situation semble pouvoir se résoudre pacifiquement quand Livera prend une décision drastique.

Charlie est enfin remis en liberté grâce à l'aide de la députée Dafne M. Linares, qui a fait campagne pour les droits des animaux.Mais quand il retourne au lycée, mépris et calomnie ont remplacé l'accueil précédemment chaleureux des élèves.Malgré tout, Lucy se démène pour obtenir des droits civiques pour Charlie.

Charlie fait à nouveau le buzz en stoppant une bagarre entre Ozzy et Gayle, un lycéen militant.Au lieu de le remercier, Gayle critique l'indifférence de Charlie pour les droits des animaux. Déçu de la position de Charlie, Gayle expose son sentiment d'impuissance lors d'un live Internet quand il reçoit une mystérieuse invitation.

Les élèves paniquent, et le monde regarde, horrifié, le livestream d'un homme masqué qui commet une tuerie au lycée de Shrews. L'adjoint Philip Graham se rue au lycée et voit avec stupeur Charlie tenter de sauver les blessés.Pendant ce temps, Lucy affronte le tireur masqué qui se prépare à envoyer un dernier message très public à Charlie.

L'indignation provoquée par la tuerie du lycée provoque des attaques contre les véganes et les militants à travers le pays.La colère gronde contre l'ALA, et une rumeur affirmant que Charlie aurait protégé le tireur alimente encore les soupçons sur ses liens avec les terroristes. La confrontation avec la population locale est inévitable.

Lucy croise l'adjoint Phil et lui dit la vérité sur l'incident de la piscine dix ans auparavant. Phil doute de sa propre opinion sur Charlie, et Hannah perçoit un changement chez son fils adoptif.Ce soir-là, Lucy et Charlie échangent des messages comme d'habitude. Mais une réponse inhabituelle de Lucy éveille les soupçons de Charlie."

Charlie part seul à la rescousse de Lucy qui a été enlevée. Après avoir affronté les membres armés de l'ALA, Charlie trouve Lucy avec Livera.Ravi de le rencontrer en personne, Livera dit la vérité à Charlie à propos du sauvetage d'Eva quinze ans auparavant et de ses liens avec le Dr David Grossman, le père biologique de Charlie.

Après avoir sauvé Lucy, Charlie trouve sa maison en flammes. Il se rue à l'intérieur pour sauver ses parents, mais il est déjà trop tard.Réalisant que leur mort est suspecte, Charlie disparaît dans les bois pour échapper à la police. Une chasse à l'homme s'engage quand les autorités découvrent que Livera s'est lui aussi évadé.

Charlie ayant perdu ses parents, l'adjoint Phil et sa femme Grace l'adoptent. Ils entament une nouvelle vie ensemble malgré la frénésie des médias et la suspension de Phil pour avoir choisi de protéger Charlie.Mais Charlie subit de nouveaux changements quand son dernier bilan médical indique que son corps entame une transformation.

Alors que Charlie essaie de reprendre une vie normale, le pays découvre, horrifié, la dernière atrocité en date de l'ALA.Mais Charlie semble ne pas s'en soucier et rend visite à sa mère biologique, Eva, sur son lit de mort. Quand Lucy trouve un moyen d'aider Eva à communiquer, son dernier message pour Charlie est un choc.