Les frères Edward et Alphonse Elric subissent une perte tragique après avoir tenté une alchimie interdite pour ramener leur mère décédée. Edward perd une jambe et un bras, tandis que le corps d'Alphonse est entièrement emporté. Pour sauver son frère, Edward lie l'âme d'Alphonse à une armure. Les deux frères cherchent maintenant la pierre philosophale pour restaurer leurs corps. Edward devient alchimiste d'État et ils doivent faire face aux menaces de Scar, un guerrier vengeur, et des Homunculi, de mystérieux ennemis liés à la pierre philosophale. Au fil de la saison, ils découvrent des mystères plus profonds sur la pierre et les forces obscures qui la contrôlent, tandis que leur voyage met à l'épreuve leurs liens et leurs convictions morales.