Beaucoup de membres de la Ligue de justice, les plus grands Super héros de la terre, vivent des aventures en solo, et sont souvent accompagnés d'un jeune protégé. Un jour, les jeunes Partenaires (Robin, Aqualad...) sont tous invités à visiter le quartier général de la Ligue, le Hall de justice. A peine ont-ils commencé ladite visite qu'une menace oblige leurs mentors à quitter les lieux, leur interdisant de quitter le Hall de justice pour leur propre sécurité. Mais lorsque les jeunes héros découvrent une seconde menace, que leurs mentors n'ont pas remarquée en raison de la première qui les accapare, ils décident de prendre les choses en main...
Personne n'a encore recommandé de titre similaire à La Ligue des justiciers : Nouvelle génération.

L'équipe, désormais constituée de nouveaux membres, doit travailler conjointement avec la Ligue pour s'occuper de ce qui semble être une invasion alien, ce qui les mène également sur une autre planète.

L'équipe Zéta, arrivée sur Rann, infiltre le vaisseau-mère des Krolotéens pour mettre fin à leurs agissements…

La Young Justice et la Ligue des Justiciers continuent de débarrasser la Terre des bases krolotéennes ; dans le même temps Miss Martian partage ce qu'elle a découvert sur le vide des 16 heures…

Superboy et Blue Beetle enquêtent sur les derniers agissements de Bruno Mannheim, le chef d'Intergang ; pendant ce temps, Nightwing, Green Arrow et d'autres héros tentent de sauver Red Arrow de son obsession, trouver le véritable Speedy.

Jaime Reyes enquête sur la disparition d'un de ses amis tandis que l'équipe Alpha, composée de Batgirl, Miss Martian, Wondergirl et Bumblebee se rend au Bialya dans le but de trouver la provenance de la bombe extraterrestre fatale aux Krolotéens.

Un mystérieux voyageur venu du futur apparaît à l'intérieur de la base du Mont Justice ; dans le même temps, un nouveau vilain, Neutron, saccage Central City en clamant vouloir tuer Flash…

Artemis reprend du service au sein de l'équipe afin d'empêcher la Lumière d'interférer avec le programme spatial…

Roy Harper cherche à se venger de l'homme qui a ruiné sa vie…

Black Manta a une nouvelle mission pour son fils, qui devrait prouver une bonne fois pour toutes de quel côté se place son allégeance !

Lors d'une mission visant à secourir certains des leurs, l'équipe, Blue Beetle et Miss Martian soulèvent le voile sur de terribles secrets…

L'équipe se retrouve enfermée dans le Hall de Justice, coincée contre un violent gladiateur alien !

Lorsque les Reach s'allient avec Lexcorp, Robin décide de mener l'enquête…

Black Manta cherche à prendre sa revanche contre Miss Martian…

Nightwing charge Blue Beetle de retrouver les adolescents anciennement détenus par les Reach… Mais Jaime n'est pas le seul à les chercher.

Un conquérant venu d'une autre planète est pris pour cible dans un jeu de poker intergalactique avec les Reach, mettant la Terre en péril…

Black Manta laisse à Miss Martian seulement 24h à vivre, mais il se pourrait qu'il en reste moins à Aqualad, menacé par Sportsmaster et Cheshire…

Un groupe de marginaux est envoyé au combat par Lex Luthor… pour secourir les héros !

L'équipe tente désespérément de libérer Blue Beetle…

La Lumière réunit un sommet qui va décider du sort d'Aqualad, des héros… et du reste de la planète Terre !

Sur le point d'enfin triompher de l'invasion alien, l'équipe découvre que le prix à payer pourrait être la planète Terre elle-même !