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L'arc Amazon Lily est le vingtième arc narratif de la série, et le deuxième de la saga Summit War de One Piece. Après sa défaite aux mains de Kuma dans l'archipel de Sabaody, Luffy est envoyé dans les airs et s'écrase sur Amazon Lily, une île réservée aux femmes qui exécute les mâles à vue.
Après avoir été propulsé par Kuma, Luffy atterrit sur une mystérieuse île interdite aux hommes, Amazon Lily. Malheureusement, il l'apprend à ses dépens et se retrouve face aux féroces guerrières de l'île qui font tout pour le capturer et le tuer, les Amazones...
Les femmes de l'île apprennent que Luffy est en réalité un homme et le placent en détention.
Alors que Luffy essaye de fuir les femmes de l'île, qui veulent le tuer, un Vice-Amiral vient voir Boa Hancock, la Capitaine Corsaire qui arrive sur son navire. Il lui demande alors de venir au Q.G de la Marine afin de se battre contre Barbe Blanche.
Après être rentré dans son palais, l'impératrice remarque l'absence de ses guerrières, toujours en train de poursuivre Luffy. Ce dernier arrive finalement dans les bains de l'impératrice sans le faire exprès et voit alors son dos, nue, à la grande terreur de l'impératrice.
Luffy étant tombé à côté d'une grande baignoire a vu le dos de Boa Hancock ce qui l'a rend furieuse. Pourtant Luffy, se rappelle avoir déjà vu ce logo auparavant...
Luffy se doit alors de combattre les sœurs Gorgon et constate à quel point elles sont fortes. En effet, il est rapidement mis à mal par les deux sœurs, qui semblent posséder deux des trois forme du Haki.
Alors que le combat entre Luffy et les sœurs fait rage, ce dernier utilise inconsciemment le Haki des Roi. Le combat se poursuit et Luffy parvient à se débarrasser des sœurs en utilisant le Gear Second.
Après avoir sauvé Sandersonia, Luffy est convié au palais, où il apprend l'histoire de la marque que porte Hancock : la marque des esclaves, celle des Dragons Célestes.
Après avoir été invité au banquet, d'où il a dû fuir car les femmes voulaient le toucher, Luffy s'enfuit grâce à l'aide de Margaret dans la maison de Nyon. Là, il apprend à son grand désespoir que son frère a été capturé par la Marine et s'apprête à être exécuté.
Alors que Boa Hancock est dans un état critique, on apprend que la maladie dont elle est victime est en réalité celle de l'amour, l'amour de Luffy. Elle ne peut alors plus rien lui refuser, et accepte sa proposition. Ils se rendront à Impel Down !
Après avoir été séparé du reste de l'équipage, Nami se retrouve sur une île céleste tandis que Franky atterrit sur une île enneigée...
Chopper, lui, est envoyé sur une île où vivent des oiseaux géants et une tribu d'indigènes tandis que Sanji arrive sur l'île de Kedétrav...
De son côté, Robin se retrouve sur un pont et est clandestinement accueillie par des travailleurs. Usopp, lui, atterrit sur une île remplie de plantes carnivores...
Zoro lui se retrouve sur la même île où Perona avait été envoyé auparavant par Kuma. Brook quant à lui se retrouve sur Namakura Island, où on le prend pour Satan...