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Les Chapeaux de paille, avec l'assistant de Kureha et de Tony Tony Chopper, ils arrivent enfin à Arabasta, qui est au bord de la guerre civile. Vivi doit rejoindre les rebelles et leur révéler la véritable cause du conflit, mais Crocodile, chef de Baroque Works et l'un des Sept Seigneurs de la Mer, ne restera pas les bras croisés. Au final, Baroque Works, les forces marines, les pirates, les gardes royaux et l'armée rebelle s'affrontent dans une bataille qui déterminera le sort du pays lui-même.
Les chapeaux de paille viennent à la rescousse d'un homme qui a plusieurs apparences à l'approche d'Alabasta. Il est effectivement très drôle, mais ils risquent de regretter de l'avoir sorti du bain.
Nos héros font la rencontre surprise en pleine mer d'un des membres de Baroque Works, ou plutôt d'un des plus proches lieutenant de leur leader, Crocodile...il s'agit de Mister Two, alias Bon Clay!
Tandis que Luffy est toujours perdu en plein milieu du désert, nous apprenons avec surprise la présence sur l'île du Capitaine Smoker. Luffy n'est pas au bout de ses surprises car une personne qui semble très bien le connaître l'attend en ville : un certain Ace.
Ace se bat contre Smoker pendant que les Chapeaux de Paille fuient pour regagner leur navire. Luffy retrouve son frère Ace. Plus tard, Ace détruira toute une escadre de Baroque Works.
Ace décide de voyager avec les Chapeaux de Paille pendant un moment, étant à la recherche d'un homme connu sous le nom de Barbe Noire. Le groupe arrive d'abord à la ville verte Elmar et voient une ville complètement désertique. Vivi et Nami expliquent ce qu'est la Dance Powder est et ses conséquences sur Alabasta.
Après avoir quitté Elmar, les Chapeaux de Paille et Ace continuent leur traversée dans le désert, faisant face à de nombreux dangers.
Nami et Vivi se sont trouvées un moyen plus facile de voyager dans le désert et de laisser derrière tous les garçons. Tout en essayant de les rattraper, Ace se perd.
Après avoir entendu qu'un petit village avait de faux gardes du corps de l'Armée Rebelle qui maintenait la paix, Vivi demande à Luffy et les autres de les tester pour savoir si ils sont dignes de rester.
Les chapeaux de paille, Vivi et Ace sont toujours entrain de traverser le désert. Vivi raconte son enfance à Nami, son affiliation d'enfance et révèle l'identité du chef des rebelles.
Ace est recherché par un chasseur de primes nommé Scorpion et découvre que Barbe Noire n'est pas à Alabasta. Il quitte le groupe pour poursuivre sa recherche, laissant à Luffy un morceau de papier mystérieux, expliquant que ça les aidera à se rencontrer de nouveau au Sommet des Pirates.
Zoro, Luffy et Chopper se sont perdus à cause d'une attaque élastique de Luffy et tombent dans un ravin. Ils atterrissent dans des ruines immenses et très anciennes et découvrent un ponéglyphe.
Nos héros arrivent à Yuba, où une surprise les attend. Pendant ce temps, au Spiders Café, les bras-droits de Mister Crocodile doivent se réunir pour enfin rencontrer leur mystérieux chef.
L'équipage de Luffy doit se résigner à quitter Yuba pour revenir à Katorea, là où les rebelles viennent d'être localisés.
Luffy a réussi à convaincre Vivi que la seule solution possible était de se rendre directement auprès de Crocodile, c'est ainsi que nos héros prennent le chemin de Rainbase, où se trouve le chef de Baroque Works.
Luffy, Usopp, Nami, Zoro ainsi que Smoker se font capturer par Crocodile aussitôt arrivés à Rain Dinner.
L'Opération Utopia est définitivement en route: le royaume d'Arabasta s'apprête à mourir, les rebelles et la population étant convaincus que le Roi est un être maléfique, suite à une usurpation d'identité particulièrement convaincante…
La plupart des Chapeaux de paille sont pris au piège et Vivi tente désespérément d'obtenir la clé de leur cage, mais n'y parvient pas. Crocodile est contacté par quelqu'un connu sous le nom de "M. Prince".
Sanji fait enfin son apparition dans Rainbase. Grâce à son plan, il parvient à gagner du temps sur Crocodile pour libérer ses acolytes. Seul problème, la clé de la cage a été avalé par un des crocodiles géants…
L'heure de la confrontation entre Crocodile et Luffy vient d'arriver !
Luffy est en très mauvaise posture : il vient de se faire battre par Crocodile à plate couture et est sur le point de mourir en plein désert.
Le reste de l'équipage et Vivi sont attendus à Alubarna par un comité très spécial. Il leur faut donc trouver un moyen pour déjouer ce projet d'embuscade afin que Vivi parvienne jusqu'à Kohza, le leader des rebelles et dissuade ce dernier de mener cette guerre.
Vivi est en route avec Carue pour Alubarna, pendant que Chopper a beaucoup de mal avec Mister 4 et Miss Merrychristmas.
La situation semble désespérée pour Usopp et Chopper, qui continuent de subir toutes les attaques de l'équipe de M.4. Cependant, le vent commence à tourner car Usopp apprend ce que signifie vraiment être un homme.
Bien que sévèrement battus et meurtris, Usopp et Chopper ont finalement vaincu l'équipe de M.4. Cependant, M. 2 a découvert le point faible de Sanji.
Bien que M. 2 découvre les faiblesses de Sanji, ce dernier parvient à vaincre son adversaire au terme d'un combat équilibré. Pendant ce temps, avant que Vivi ne donne l'ordre de faire exploser le palais, Crocodile apparaît.
Nami affronte Miss Doublefinger et tente de comprendre sa nouvelle arme fabriquée par Usopp, le Clima-Tact.
Tandis que Crocodile révèle à Vivi l'existence de l'arme ancienne Pluton, Nami tente de vaincre Miss Doublefinger avec son attaque la plus puissante : La Tornade Tempo.
Alors que le combat de Miss. Doublefinger contre Nami fait rage, Zoro a encore plus de mal à combattre Mr.1 : un homme qui peut transformer tout son corps en acier - quelque chose que Zoro ne peut pas couper. Alors que Zoro approche de la mort, il doit découvrir le secret du "souffle de toutes choses".
Lorsque Vivi révèle le plan de Crocodile à Koza, ce dernier tente d'arrêter le combat, mais il est abattu. Crocodile révèle qu'il a posé une énorme bombe dans la ville.
Kohza essaie tant bien que mal de stopper l'attaque rebelle. Mais Baroque Works en a décidé autrement et fait continuer la guerre. Alors que Vivi allait être lachée du haut du palais d'Alubarna par Crocodile et mourir, Luffy intervient et la sauve d'une mort certaine.
Luffy se bat contre Crocodile, avec un peu plus de succès qu'avant, car cette fois, il possède de l'eau. Il perdra quand même le combat, déshydraté à mort par Crocodile. Tandis que Luffy est passé pour mort, les autres (l'équipage au chapeau de paille) cherchent en vain la bombe. Miss All Sunday force alors Cobra à l'amener vers les ponéglyphes de Pluton.
Crocodile rejoint Robin dans le tombeau et lui ordonne de traduire le ponéglyphe. Robin lui dit que Pluton n'a pas été mentionné et qu'il ne s'agit que d'histoire, mais Crocodile comprend qu'elle ment et la poignarde en réponse. Lorsque Luffy se remet du dernier combat, il poursuit Crocodile dans le tombeau.
Luffy se bat avec Crocodile en utilisant du sang sur ses poings. Pendant ce temps, Vivi trouve la bombe et réunit les Chapeaux de paille.
Vivi trouve la bombe à l'intérieur de la tour de l'horloge, mais la paire de M. 7 de Baroque Works est là pour la protéger. Vivi les bat, mais elle se rend compte que la bombe ne peut pas être arrêtée aussi facilement. La bombe est munie d'une minuterie, et juste avant qu'elle n'explose, Pell apparaît et l'emporte dans l'atmosphère, où il se sacrifie pour sauver Alabasta.
Luffy se bat contre Crocodile au même moment Vivi crie de toutes ses forces pour faire arrêter les combats sur la grande place. Finalement Luffy massacre Crocodile et celui-ci arrive presque mort au milieu de la grande place. Les combats cessent grâce à la pluie qui commence à tomber; cependant Luffy est allongé près du roi, fatigué par son combat, au milieu du temple qui est en train de s'écrouler.
Igaram, le partenaire de Vivi, arrive pour faire cesser totalement les combats. Le roi aide Luffy inconscient à sortir du temple. Après que Vivi et son père partent pour parler à la population, le reste de l'équipage s'écroule de fatigue près de Luffy. Mais la marine les retrouve cependant, et Tashigi se refuse à arrêter l'équipage de Mugiwara. Puis Tashigi repart livrer Crocodile a Smoker mais elle avoue que si elle a aidé Luffy et ses amis à stopper Crocodile c'était car elle n'était pas assez forte et c'est pour cela qu'elle promet de devenir plus forte. Pendant ce temps les Mugiwaras se reposent dans le palais.
Après être resté au lit trois jours, Luffy se réveille bruyamment. Il n'a besoin que de manger et d'avoir son chapeau. C'est pour cela qu'ils font un grand banquet qui ravit tous les gardes et valets. Maintenant que plus rien ne les retient à Alabasta, l'équipage décide de partir du pays pendant la nuit pour ne pas se faire attraper par la Marine qui rôde dans tout le pays. On découvre que les primes de Zoro et de Luffy ont augmenté (60 000 000 et 100 000 000 berry chacun). De plus, on apprend que c'est Mister Two qui a le navire des Mugiwaras mais en tant qu'ami, il le leur rendra gentiment;
Vivi fait un discours oratoire à tout son pays racontant son aventure. Pendant ce temps Hina est à la poursuite du Vogue Merry mais c'est grâce à l'équipage du ex-Mister Two qui fait divertion que Luffy et ses amis arrivent à s'échapper.
Nico Robin se retrouve sur le bateau des Mugiwaras car elle a décidé de rejoindre l'équipage. Elle explique que c'est grâce à Luffy qu'elle a envie de continuer à vivre et que rien ni personne ne la retient. C'est par un simple "D'acc" que Luffy accepte tandis que Nami, Usopp, Sanji, et Chopper se laisse soudoyer. Seul Zoro désapprouve. C'est ainsi qu'elle se retrouve dans l'équipage.