L'histoire se déroule dans une version fictive de l'ère Edo au Japon. Une jeune fille, Fuu, recherche le samouraï qui sent le tournesol et se fait accompagner par deux individus originaux, Mugen l'extravagant, ancien pirate devenu vagabond, et Jin le samouraï (rōnin) impassible, à la suite d'un pari qu'elle a « gagné » contre ces deux derniers qui allaient s'entre-tuer.