Diffusion 9 juillet 2004
Le commandement du SGC est confié à Jack O’Neill, récemment promu Général. De vieux ennemis reviennent en force pour conquérir notre galaxie.
Docteur en sciences politiques et expert en négociations internationales, Elisabeth Weir a remplacé le général Hammond à la tête du programme Porte des Etoiles. Alors que les activités de la base en antarctique sontmomentanément suspendues, elle convient de la nécessité d'envoyer Sam et Teal'c requérir l'aide des Asgards ; seule solution pour libérer le colonel O'Neal, tenu en état de stase depuis l'éclaboussante victoire des terriens sur l'armée d'Anubis anéantie. Au même instant, le Haut Conseil des grands maîtres délègue trois émissaires au prétexte de négocier un traité d'alliance contre Ba'al. Celui-ci, profitant de la disparition d'Anubis a annexé ses guerriers drones et représente un danger pour tous...
Les grands maîtres Goa'uld sont faits prisonniers. Thor et Teal'c apprennent que tous les Réplicateurs n'ont pas été détruits et qu'ils commencent à prendre le contrôle de la nouvelle planète des Asgards, Orilla, sur laquelle ils tentaient de reconstruire leur civilisation.
Le SGC a aidé le pilote d'une base russe en orbite, Constantinov, à éviter les débris d'une explosion où la liaison avait été mystérieusement interrompue par une intrusion extra-terrestre. Plus tard, le général O'Neil refuse formellement d'intégrer le colonel Alexi Vaselov, dont les états de service dans l'Armée de l'Air sont pourtant irréprochables. En se plaignant du refus catégorique d'O'Neil auprès de Daniel, Vaselov est victime d'un malaise. Les médecins décèlent un virus dangereusement contagieux, dont Constantinov, ami du colonel, est récemment décédé. O'Neil met le vaisseau en quarantaine car Daniel présente des signes violents de contamination qu'il attribue à Anubis...
Depuis 5 jours qu'il est au commande du SGC, le général Jack O'Neil doit faire face à de multiples épreuves. Premièrement, la croissance exponentielle d'une plante alien rapportée d'une mission. Deuxièmement, la capture de Sam, Daniel et Teal'c par des rebelles Jaffa. Enfin, l'organisation de négociations entre émissaires de l'Alliance puis l'arrivée d'un traitre nommé assistant administratif d'O'Neil, Marc O'Neil. Un générateur datant des Anciens pourrait débloquer une situation apparemment sans issue...
Faisant irruption par une porte des étoile en territoire Calédonien, historiquement divisé entre le Protectorat de Traïdan et la Fédération, le terriens provoquent malgré eux une guerre civile dans laquelle Daniel s'investit pleinement par acquis de conscience. Les troupes du commandeur Gareth qui le protège, sont littéralement anéanties par celles de Soren, le gourou d'une secte de la Fédération qui brigue la régence du territoire calédonien, qu'il rebaptise d'un nom Goa'uld, Avidan. Jack tente alors de négocier avec Soren...
Le SGC teste une nouvelle technologie basée sur les "chaises". Celles-ci vont servir à entraîner les soldats terriens à l'aide d'une simulation ultra-réaliste: Teal'c accepte de se connecter à la machine pour que le programme s'adapte à ses connaissances de l'ennemi afin de rendre le tout plus crédible. Teal'c doit ainsi stopper des super soldats infiltrés dans le SGC mais très vite tout se complique : le programme se perfectionne tellement que Teal'c se fait toujours tuer ou ne parvient pas à empêcher la destruction de la base... et même l'issue de secours prévue ne fonctionne pas !
Teal'c a obtenu l'autorisation de s'installer dans un appartement à l'extérieur de la Base. Malheureusement, le valeureux guerrier Jaffa a du mal à passer inaperçu au milieu des humains et inquiète sérieusement les autorités supérieures. Notamment après avoir fait la connaissance de sa charmante voisine, Krista James, il disparaît avec la jeune femme en laissant le cadavre de son petit-ami derrière-eux. Un mandat d'arrêt est lancé contre lui. Pendant ce temps, Pete Shanahan demande Samantha en fiançailles. Mais à la grande joie dissimulée de O'Neill, cette dernière n'est pas prête à mettre sa carrière entre parenthèse...
Au siège de sa compagnie, Alec Colson, un homme d'affaires reconnu, s'apprête à faire une énorme révélation devant la presse. Son second, Brian, essaye de l'en dissuader, mais Alec pense que tout le monde a le droit de savoir ce que le gouvernement cache. Dans la salle de conférence, Alec salue quelques journalistes, puis monte à la tribune. Il affirme avoir la preuve, qu'il y a 5 mois, la Terre à été attaquée par des extraterrestres. Daniel assiste, avec le Lieutenant Colonel Carter, à la scène depuis son laboratoire. Colson donne 24 heures aux gouvernements concernés par l'affaire pour confirmer cette thèse. Dans la négative, il révélera ses preuves...
Teal'c est courroucé par l'annonce du mariage de son fils Rya'c avec Kar'yn, une Jaffa originaire de la planète Haktyl. Selon lui, cet événement compromet sa carrière de guerrier. Menacée par une attaque de l'armée de Moloc, la base secrète d'Haktyl avec Ishta à sa tête, est soudainement évacuée vers le SG1 en attendant de trouver une planète viable...
Au SGC, le Sergent Davis et un de ses collègues sont de garde. L'un d'eux s'ennuie car il ne se passe pas grand-chose à la base. Davis lui dit qu'une équipe peut arriver à tout moment, et par conséquent qu'ils doivent se tenir prêts. Ils se lèvent pour aller boire du café, quand soudain un flash blanc remplit la salle d'embarquement : la Porte des Etoiles a disparu... Cette disparition permet à SG-1 de découvrir que "Le Trust" possède un vaisseau spatial en orbite autour de la Terre. Pendant ce temps, Teal'c enquête sur la mort de milliers de Jaffas...
Le SGC reçoit un code d'identification à la base. Il s'agit de celui de Carter, pourtant présente sur la base. Le signal date de quatre mois et le message contenu demande d'envoyer un MALP. L'engin envoyé détecte une présence : c'est Carter. Ou plutôt, le réplicateur créé à son image par Numéro Cinq, qui veut avertir la Terre d'une invasion imminente et surtout solliciter l'équipe pour la détruite avec le disrupteur. Malgré l'opposition de O'Neal à la venue du réplicateur jugée trop dangereuse, Samantha insiste pour converser avec son double. Elle soupçonne une affaire personnelle et tient à éclaircir le sujet. La base est évacuée pour recevoir la réplicante. Cette dernière explique comment elle a été programmée à tuer et comment elle possède les souvenirs de Samantha. En dépit de sa réticence à trahir les siens, la réplicante aide l'équipage à modifier le disrupteur pour contrer l'attaque imminente de Numéro Cinq. Seulement, la créature est toujours en contact avec son mentor...
Malgré le refus catégorique de O'Neal, Daniel embarque à bord du Prométhée sur les ordres du Général, déterminé à partir à la recherche de la mission Atlantis. Au cours du voyage, il croise un Alkesh Goa'uld abandonné et intercepte un message de détresse d'une femme provenant du navire à bord duquel un terrible affrontement avec les Jaffa a fait rage...
La guerre entre les Goa'uls pousse certains d'entre eux à se réfugier sur les planètes isolées. Malheureusement, celle choisie par le Grand-Maître Ares est aussi celle où la Tok'ra a déposé Harry Maybourne, devenu roi de la contrée en utilisant le savoir des anciens. Ces connaissances lui ont notamment donné accès à la technologie pour voyager à travers le temps. SG1 est chargé de le rapatrier...
En rentrant chez lui, Jack découvre Robert Kinsey, le diplomate déchu, venu le solliciter pour sauver les Etats-Unis d'un complot organisé par la confrérie du NID. Cette organisation terroriste l'a contacté pour rencontrer le ministre de la Défense russe. Le SGC décide d'utiliser Kinsey pour espionner le NID. Mais le jour du rendez-vous, Kinsey et le NID échappent à la vigilance de l'équipe. Daniel est alors envoyé en Russie pour prévenir le ministre du danger, mais en route, il est intercepté par l'armée soviétique qui le soumet à un test sanguin. Il apprend que Kinsey a tenté d'assassiner le ministre et que ce traitre est devenu l'hôte d'un symbiote Goa'uld. Par conséquent, les Russes craignent que le gouvernement américain soit infiltré par l'ennemi, et ils décrètent l'état d'alerte maximum...
Dans une brocante avec sa femme Charlène, Joe Spencer met la main sur une pierre noire d'Egypte au contact de laquelle Joe vit par procuration les aventures du SGC. Durant sept ans, Joe, un modeste coiffeur de l'Indiana, va conter ses visions et passionner l'auditoire de son salon. Sur les conseils de sa femme, il envoie ses scripts dans l'espoir d'être publié, sans succès. A force de consulter la pierre, ce citoyen lambda dont la vie a été profondément bouleversée par ces visions, s'éloigne de la réalité ; son commerce coule et sa femme demande le divorce. Au bord du gouffre, Joe s'enquiert de vérifier l'existence du colonel O'Neil et de la mission Atlantis. Un matin, O'Neil est mis ridiculement en joue à son domicile par Joe qui l'accuse d'avoir ruiné son existence. Finalement, Joe semble terriblement familier à Jack...
Les réplicateurs ont lancé une terrible offensive sur les domaines Go'auld qui disparaissent à vue d'oeil sur les écrans radio, menaçant ainsi la galaxie toute entière. Mis en échec, Ba'al contraint les Jaffa à se soumettre à son autorité et vient solliciter l'aide du commandant O'Neil qui refuse avec humour. Dès lors, Teal'C et Jacob prennent le commandement de la rébellion Jaffa et lancent l'assaut de la dernière chance en direction du temple de Dakara, lieu symbolique de la domination Go'auld sur son peuple. Entre temps, Daniel est capturé par les réplicateurs pour sonder ses savoirs sur le rayon disrupteur, la seule arme efficace contre eux, que Tor et Sam tentent vainement de remettre en marche...
Apprenant que la seule arme capable d'éradiquer les Réplicateurs est contenue dans le temple de Dakara, Ba'al aide Sam et son père Jacob à activer leur fabuleuse découverte afin de doubler son maître Anubis. Sur le vaisseau Réplicant, la doublure de Sam sonde les connaissances des Anciens stockées dans la mémoire de Daniel afin de déjouer les plans des rebelles et des terriens. Les Réplicateurs envahissent soudain la base de Cheyenne Moutain, le commandant O'Neil donne l'ordre d'évacuer et d'utiliser la force nucléaire pour l'autodétruire.
Les Réplicateurs ont été anéantis grâce à l'activation de l'arme des Anciens, mais Anubis persévère pour mettre en oeuvre son grand dessein : éradiquer toute vie dans la galaxie. Pendant que les Jaffa, devenus libres, reforment leur armée pour combattre les guerriers d'Anubis repliés sur Tartarus, Daniel amorce pour la seconde fois son processus d'ascension en compagnie d'Oma et Jim, avec qui il se lance dans de longues discussions. Seulement, Anubis a tendu un piège aux Jaffa : Tartarus est déserte et l'arme absolue est tombée entre ses mains. Sur Terre, Sam prépare son mariage avec Pete jusqu'au moment où son père, mourant, lui enjoint de vivre enfin heureuse. Désormais, le sort de la galaxie repose sur Daniel, en pleine discussion avec Jim/Anubis, qui s'est précédemment joué d'Oma pour parvenir à l'illumination et acquérir les pouvoirs considérables dont il jouit actuellement...
La chercheuse Catherine Langford décédée, Daniel hérite de sa collection d'artefacts antiques. Parmi eux, il découvre une tablette datant de 3000 avant J.C. sur laquelle un E2PZ est gravé. Sitôt, Sam, Jack, Daniel et Teal'c partent en contrôleur temporel voyager dans le temps pour récupérer l'objet de culte du Dieu Rhâ ; permettant de nos jours à ouvrir la voie vers Atlantis et alimenter en énergie les défenses de la Terre contre la menace extraterrestre. Mais l'équipe reste prisonnière en Egypte et lègue une vidéo de l'état de leur mission à la postérité. 5000 ans plus tard, le général Hammond convoque Sam, astrophysicienne, Daniel, égyptologue et Jack, retraité de l'armée pour regarder une vidéo retrouvée lors d'une fouille dans une tombe égyptienne...
Après que Sam ait découvert l'emplacement de la première porte des étoiles en Antarctique, la seconde, normalement basée en Egypte, ne s'y trouve plus en raison de l'échec de la mission SG-1. L'équipe à nouveau reconstituée, le général Hammond et le docteur McKay l'envoient à bord du contrôleur temporel chercher Teal'c, puis remonter à l'époque des pyramides pour modifier le passé afin de sauver le futur. Durant la fuite de Teal'c pour échapper au joug d'Apophis, le faux dieu Go'auld, Daniel est assassiné. Mais la troupe le retrouve en Egypte, où il fomente une rébellion jaffa contre Rhâ, décidé à emporter avec lui la porte des étoiles en cas de fuite.