Aired November 3, 2011
Brennan et Booth voient leur relation se compliquer davantage avec l’arrivée d’un bébé. Ensemble, ils doivent également faire face à un hacker psychopathe qui va tout faire pour leur mettre des bâtons dans les roues et les humilier. Bones va alors devoir redoubler d’attention pour ne pas tomber dans le piège d’un ennemi redoutable.
Le corps d'une jeune femme qui s'avère amnésique est retrouvé enterré dans un terrain de paintball. Pendant ce temps, Booth et Brennan, apprennent à vivre ensemble.
L'équipe identifie les restes d'une "championne de mangeurs" qui devait participer à une compétition avec comme premier prix, 10,000 $ . Pendant ce temps, Camille essaye de s'habituer au passé de délinquant du nouvel interne, et Booth et Brennan essaye chacun de se mettre à la place de l'autre.
Les restes d'une femme travaillant dans une compagnie de jouets sont retrouvés. Pendant ce temps, Sweets passe, avec l'aide de Daisy et malgré l'opposition de Booth, son certificat pour pouvoir avoir une arme. Et Brennan se demande si pour être une bonne mère, elle devra jouer avec son futur enfant.
Un corps démembré est retrouvé dans plusieurs boîte aux lettres dans un entrepôt désafecté de la poste. Après avoir découvert l'identité de la victime, l'équipe se retrouve dans un trio amoureux compliqué. En parallèle, Hank, le grand-père de Booth des nouvelles inattendues.
L'équipe découvre les restes d'un homme qui semble avoir péri après une tornade. Pendant ce temps, Billy Gibbons, vient faire une visite à sa fille, Angela, et à son petit-fils, et Booth devient surprotecteur envers Brennan.
Une message crypté est découvert dans du sang humain dans un musée. L'équipe cherche à décoder ce message ce qui les emmène vers un suspect, génie d'informatique. Pendant ce temps, Booth et Brennan cherche la maison parfaite pour leur nouvelle famille.
Bones et Booth se disputent au sujet de l'accouchement de celle-ci, lui préférant qu'il ait lieu dans un hôpital alors qu'elle souhaite le faire chez elle. En parallèle, les restes d'un prisonnier, présumé évadé depuis un mois, remontent dans les canalisations d'une maison. Bones souhaite s'impliquer dans l'affaire alors que tous lui rappellent qu'elle est presque à terme et peut accoucher à tout moment.
Le corps d'une femme est retrouvée sur une route en plusieurs morceaux par une famille qui part en camping. Il semble qu'elle ait été traînée sur plusieurs kilomètres. C'est la première affaire de Bones, après son congé maternité et doit donc s'accommoder de laisser son nouveau-né loin d'elle.
Un corps est retrouvé dans une décharge, rongé par les animaux des environs mais ceux-ci meurent intoxiqués par la substance bleue qui recouvrait le corps. La victime était un coiffeur en vogue qui avait de nombreuses aventures avec ses clientes. Bones et Booth ont quelques problèmes de communication, et Sweets a une idée pour régler le problème.
Booth et Brennan enquêtent sur l'assassinat d'un père de famille complexé depuis son enfance par sa petite taille. Après avoir interrogé le fils de la victime, Booth et Brennan vont enquêter du côté de son professeur de karaté.
Quand un cadavre est trouvé au milieu des bois, l'équipe relie la victime à deux familles qui ont été ennemies pendant presque un siècle. Brennan et Booth interrogent un membre de la famille avec une confession choquante qui les conduit à un motif pour assassiner la victime. Pendant ce temps, Brennan a du mal à accepter que son père offre ses services pour garder leur petite fille en raison de sa présence invisible dans sa propre enfance.
Bones et Booth partent pour Los Angeles assister au tournage du film adapté d'un des romans de l'anthropologue, qui se montre très déçue des libertés prises avec le réalisme et son ouvrage. La simple visite devient une nouvelle affaire quand un corps est retrouvé dans les accessoires.
Un ancien ami de Brennan, Dr Sawyer, mathématicien brillant devenu patient en psychiatrie est retrouvé mort en forêt, le corps dévoré par des loups. Booth suspecte Pelant, le spécialiste de l'informatique qui au même moment tente de négocier sa libération, et celui-ci fait en sorte que toutes les preuves de ce nouveaux meurtre accuse Bones. Booth, Brennan, Sweets et Caroline sont l'un après l'autre écartés de l'affaire.