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Le 10 août 2010 du calendrier impérial (soit en 1955 du calendrier grégorien), le Saint-Empire de Britannia écrase les forces japonaises et conquiert le pays en moins d'un mois grâce à leur nouveaux mechas nommés Knightmare. Dans la défaite, le Japon perdit son indépendance et fut renommé Area 11. Les Japonais quant à eux perdirent tous leurs droits et leur identité nationale, renommés Eleven. Ils furent déplacés dans des ghettos, cédant la majeure partie du territoire aux colons britanniens. Pourtant, des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance. Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur de Britannia lui-même, ne fit rien pour pourchasser les responsables de l'attentat qui coûta la vie de sa mère et qui mutila sa jeune sœur.
Un an après la Black Rebellion engendrée par l'Ordre des Chevaliers Noirs, la mort de Zero est une évidence dans les esprits. Les Japonais n'ont plus d'espoir de sauver leur patrie mais quelques rares personnes se raccrochent quand même à l'espoir du retour de Zero. Les plupart des membres de l'OdCN ont été capturés par l'armée de Britannia et le nouveau Gouverneur de la Zone 11 se nomme Calarès. Tout semble être redevenu normal, comme avant l'arrivée de Zero. Mais les choses ne se déroulent pas comme prévu : alors que Britannia recherche C.C., celle-ci se montre en compagnie des derniers membres libres de l'OdCN en prenant d'assaut la Tour de Babel, une tour très populaire pour ses spectacles et casinos. Au cœur de cet assaut se trouve malencontreusement un jeune étudiant : Lelouch Lamperouge. Il évite à tout prix les terroristes et cherche désespérément dans les décombres de la tour son jeune frère Rollo.