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Le groupe d'études découvre qu'à cause d'un problème administratif, ils vont devoir se retrouver mélangés à une autre classe pour un cours d'Histoire. Abed angoisse à l'idée de se retrouver séparé des autres à la fin de l'année.

Le groupe d'études se prépare pour une fête de Halloween mais apprend que Pierce s'est accidentellement enfermé dans sa chambre de panique et ne connait pas le code de sortie. C'est l'occasion de découvrir de nombreux secrets cachés au sein du manoir.

Le groupe se rend à une convention sur la série préférée de Troy et Abed. Pierce et Shirley assistent à une projection-test du remake, pendant qu'Annie est prise pour la femme de Jeff et décide de jouer le jeu. Un fan se lie d'amitié avec Abed mais Troy le prend mal.

Le groupe se rend à un cours d'histoire européenne qu'il doit partager avec les élèves allemands que Jeff et Shirley ont affronté l'année précédente. Pendant ce temps, Chang souffrant d'amnésie fait son retour au campus.

Shirley organise un repas de Thanksgiving auquel tout le monde participe sauf Britta qui souhaite rapprocher Jeff de son père. Jeff fait aussi la connaissance de son demi-frère.

Le groupe cherche à comprendre les causes de la soudaine amnésie de Chang pendant que Jeff pense qu'il simule et qu'Abed les filme pour son documentaire.

Jeff, Annie et Britta sont recrutés par le doyen afin d'aider un étudiant d'une famille riche à mieux s'intégrer au campus pendant que Shirley et Troy suivent des cours d'enseignement d'éducation physique et qu'Abed rejoint un nouveau groupe.

Lorsque le doyen organise une soirée danse au campus, Britta décide de faire une contre-soirée sous le regard de Jeff qui attend de la voir échouer. Annie et Shirley organisent toutes les deux un rendez-vous pour Abed.

Un malaise plane sur le groupe et le doyen décide d'utiliser des marionnettes pour les aider à régler le problème. Ils racontent donc comment après un accident de montgolfière, ils ont croisé la route d'un homme en forêt et vécu une mauvaise expérience.

Annie invite le professeur Cornwallis à la fête de Noël chez Jeff afin qu'il puisse montrer son bon côté. Mais lorsque le groupe apprend que Cornwallis a l'intention de leur donner une mauvaise note, tous décident d'agir.

Shirley et Annie tentent d'empêcher Leonard d'être le major de la promotion et de prendre sa place pendant qu'Abed et Troy prétendent qu'ils ont échangé leurs corps.

Abed révèle que le groupe était destiné à se rencontrer en rassemblant des morceaux du passé de chacun, et va découvrir que les liens sont plus forts qu'il ne le pensait. Chang essaye de détruire l'université une bonne fois pour toutes.

Avec assez de crédits pour valider son diplôme, Jeff réfléchit à sa vie future et comment les choses pourraient tourner si la « continuité la plus sombre » avait pris place.