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Au 26ème siècle, alors que l’humanité est empêtrée dans une guerre intergalactique contre une menace extraterrestre connue sous le nom d’Alliance, le Dr. Halsey, une brillante scientifique, a créé les Spartans, des super-soldats génétiquement et technologiquement améliorés pour booster les capacités physiques et mentales. John-117, le commandant d'une des unités, mène ses troupes vers le combat...
Le Major John-117 dirige son équipe de Spartans d'élite contre la menace extraterrestre connue sous le nom de Covenant. À la suite d'un événement cataclysmique sur une planète déserte, John ne peut se défaire du sentiment que sa guerre est sur le point de changer et il risque le tout pour le tout pour prouver ce que personne d'autre ne veut croire, à savoir que le Covenant se prépare à attaquer le plus grand bastion de l'humanité.