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Gon Freecss a douze ans, et rêve de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d'élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. ... C'est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter.
Toujours à la recherche de son père, Gon, accompagné de son ami Killua, pénètre l'univers de Greed Island, un jeu dont son père a participé à l'élaboration. Une fois à l'intérieur, Gon et Killua font la connaissance de nombreux nouveaux amis, mais également de plusieurs ennemis redoutables..
Nétéro, le président des Hunters est décédé suite à sa confrontation avec Meruem, le Roi des Chimera Ant. Un nouveau Président Hunter doit donc être élu ! Le groupe des Douze Zodiaques, rassemblant les « Nen » les plus puissants de l’Association des Hunters, se réunit pour organiser l’élection de leur nouveau Président. Pendant ce temps, Gon, gravement blessé est hospitalisé. Kirua prêt à tout pour le sauver, risque sa vie en faisant appel au terrible pouvoir de sa soeur Aruka.