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Lorsque leur base secrète est attaquée, un groupe de civils et de militaires s'échappent par une porte des étoiles à bord d'un ancien vaisseau en direction de l'espace lointain. Désormais, ces survivants doivent trouver un moyen de revenir sur Terre, tout en subvenant à leurs besoins les plus élémentaires : nourriture, eau et air.
Le Destiny continue son voyage à travers l'Univers, tandis que son équipage souffre d'un manque de ravitaillement et ignore sa destination finale. Luttant pour contrôler les systèmes du vaisseau, les tempéraments et les personnalités de l'équipage s'affrontent. Face à l'espace inexploré et aux ennemis qui voudraient prendre le vaisseau de force, l'équipage du Destiny persévère dans sa lutte pour rester en vie et trouver un moyen de rentrer chez lui.