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Depuis l’apparition des géants, l’humanité vit recluse dans une cité-forteresse derrière d’immenses murs afin d’empêcher toute attaque de ces derniers. N'en ayant pas vu depuis 100 ans, même s’ils vivent enfermés, les hommes ont ainsi retrouvé la joie de vivre. Cependant, alors que chacun se pensait à l’abri, un géant dépassant le mur apparaît et crée en un instant une brèche, laissant la voie libre aux autres géants se précipitant dans l’enceinte afin de dévorer les humains. Dans ce vent de panique, Eren et sa sœur voient leur mère mourir sous leur yeux. Réchappant de justesse au massacre, Eren n’a alors plus qu’une seule idée en tête : intégrer l’unité d’élite de la garnison et éliminer les géants jusqu’au dernier.
L'humanité vit à nouveau son heure la plus sombre lorsqu'une dizaine de titans parvient à franchir le second mur d'enceinte. Alors qu'ils ont été mis à l'isolement, en raison de la présence supposée de titans infiltrés parmi eux, les membres de la 104e brigade n'ont nul autre choix que de se diriger vers la ligne de front. De leur côté Eren, Mikasa, Armin, Hansi et Livaï partent à la recherche de réponses pour comprendre l'étrange lien entre ces mangeurs d'hommes et le Culte du Mur...
Au cours de la dernière bataille l'Axe, le pouvoir de contrôler les titans, a été révélé au grand jour. Apprenant cela, le gouvernement dépêche les Brigades Spéciales de capturer vivant Eren et Christa / Historia, la fille incestueuse du souverain. C'est néanmoins sans compter sur l'esprit de rébellion du bataillon qui a déjà beaucoup trop sacrifié dans sa recherche de la vérité. Ainsi, les soldats de la liberté, emmenés par Erwin, prévoient de renverser le trône manu militari au nom du salut de l'humanité. C'est une bataille d’une toute autre envergure que vont devoir livrer nos héros car l'ennemi n'est plus un monstre de quinze mètres de haut mais un escadron d'hommes dirigés par le sinistre Kenny Ackerman dit "l'Égorgeur", un tueur en série et ancien mentor de Livaï...
La vérité révélée par les souvenirs des journaux de Grisha ébranle toutes les croyances les plus profondes d'Eren. Il n'y a pas de monde sauvage mais un territoire libre au-delà des murs. Il existe un tout autre univers, tout aussi rempli d'oppression et de guerre. Tout à coup, les ambitions qui ont animé le Survey Corps pendant des générations semblent faibles et naïves. Que reste-t-il à combattre ?