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Plusieurs mois se sont écoulés depuis les événements sur Kamino. Poursuivant son périple dans l'Empire après la chute de la République, l’escouade Bad Batch entreprend une série de missions commando qui la mènera dans des endroits aussi inconnus que dangereux, croisant en chemin amis et ennemis aux visages nouveaux ou familiers.
Dans cette dernière saison épique, le Bad Batch va entreprendre un voyage périlleux pour retrouver Omega qui fait face à ses propres défis au sein d'un laboratoire impérial isolé. Alors que la troupe est dispercée et menacée de toutes parts, elle va devoir trouver des alliés inattendus, embarquer dans des missions à haut risque et rassembler tout son savoir pour s'affranchir de l'Empire.