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Naruto est de retour !! Après trois ans d'entraînement avec Jiraya, il retrouve ses camarades de l'Académie Ninja ainsi que ses professeurs à Konoha. Tous ont évolué, y compris les ninjas du village de Suna. Seul Kakashi semble être resté fidèle à lui-même ! Hélas, les retrouvailles sont de courte durée. Gaara, devenu depuis peu Kazekage de son village est menacé par l'Akatsuki. Konoha envoie ses 2 meilleures équipes pour leurs prêter main forte : celle de Gai et Kakashi. Leur mission ? Sauver Gaara des griffes de l'Akatsuki et les empêcher de délivrer le démon qui sommeille en lui. Malheureusement, prêts à tout pour mener à bien leur mission, l'Akatsuki envoie deux de ces éléments : Deidara et Sasori, qui parviennent à enlever le Kazekage... Naruto arrivera-t-il à sauver son ami ?
À peine revenus de leur mission de Suna, Naruto et Sakura accompagnés cette fois de Yamato et de Sai, partent à la rencontre de l’espion de Sasori. Ce dernier n'est autre que Kabuto. Mais une autre surprise les attend : la présence d’Orochimaru. Un combat titanesque s’engage alors entre Naruto et lui. Il se solde par l’intervention de Yamato et la retraite d’Orichimaru suivi mystérieusement par Sai. Grâce à son clone, Yamato et son équipe parviennent à les suivre jusqu'à tomber sur Sasuke... Quelle sera l’issue de ces retrouvailles tant attendues ?
Vaincu par Sasuke, Naruto retourne au village caché de la Feuille pour commencer un nouveau programme d'entraînement avec Kakashi et Yamato. Naruto apprend qu'il possède un chakra de type vent. Pendant ce temps, un groupe de quatre personnes mystérieuses attaque un village dans la campagne du Pays du Feu. Qui sont-ils et que veulent-ils exactement des ninjas du Village de la feuille ?
Asuma et Shikamaru doivent faire preuve de perspicacité pour affronter les jutsu époustouflants du binôme Akatsuki, Hidan et Kakuzu. À la dernière minute, les Akatsuki sont rappelés, mais pas avant d'avoir porté un coup fatal à un shinobi vénéré de la Feuille. Le ninja dévasté qui reste derrière ne pense qu'à se venger, mais Tsunade s'oppose à ce projet jusqu'à ce qu'une offre d'aide arrive d'une source inattendue.
Le nouveau jutsu Rasen Shuriken de Naruto est incroyablement puissant - mais en raison des risques pour l'utilisateur, Tsunade interdit à Naruto de l'utiliser ! Lorsque Jiraiya revient au village, Naruto lui demande conseil et tous deux se rendent dans une station thermale pour trouver une solution. Pendant ce temps, Kakashi dirige une équipe à la recherche de la cachette d'Orochimaru, et lorsque Naruto en entend parler, il supplie de se joindre à eux.
'avenir de Sasuke est en jeu alors qu'Orochimaru se prépare à la réanimation. Cela fait trois ans que Sasuke a quitté le Village de la Feuille à la recherche du pouvoir qu'Orochimaru lui a promis. Il est maintenant temps d'affronter son mentor. Qui sera le maître de qui dans la bataille pour leur propre existence ? De plus, remontez le temps jusqu'à un tournant dans la vie du jeune Kakashi, alors qu'il se bat aux côtés de ses coéquipiers sous la direction du quatrième Hokage !
L'équipe rentre au village quand Tsunade leur confie une mission urgente qui les mènera à un voyage périlleux pour protéger une jeune femme !
Naruto et ses amis réussissent à déchiffrer le code que Jiraiya a laissé derrière lui, mais ce n'est pas suffisant pour résoudre le mystère de Pain. Pour Naruto, le décès de Jiraiya est plus que suffisant pour l'inciter à suivre Fukasaku au Mont Myoboku, où il commence son entraînement au Sage Jutsu. Mais le nerveux Naruto sera-t-il jamais capable de rester assis assez longtemps pour atteindre le mode Sage ? De retour au Village de la Feuille, le désastre frappe lorsque les Six Chemins de la Douleur attaquent le village, et ceux qui sont les plus chers à Naruto sont jetés dans le chaos de la bataille !
Après l'attaque de Pain, les Ninja de la Feuille entreprennent de reconstruire leur village. Naruto et Sakura sont ravis de retrouver Tazuna et son petit-fils Inari du Pays des Vagues, qui sont venus les aider. Pendant que la restauration se poursuit, les Ninja de la Feuille et leurs amis réfléchissent aux événements passés qui ont influencé le village et l'ont aidé à gagner des alliés comme le Sable. De plus, nous avons un aperçu du parcours d'entraînement de Naruto avec Jiraiya, et nous rejoignons l'équipe 7 originale lors d'une mission où Sasuke était encore avec eux !
Au lendemain de l'attaque du village, Naruto et Sakura sont choqués de découvrir que Danzo a été choisi comme nouveau Hokage. Et son premier ordre du jour concerne le ninja rebelle de l'équipe 7, Sasuke ! Ensuite, les Kage de chaque village se réunissent pour un sommet au Pays du Fer, et Naruto demande le pardon pour Sasuke au Raikage. Mais le cycle de la haine est profond dans le monde des shinobis, et tandis que les cinq Kage discutent de la façon de traiter l'Akatsuki, le mystérieux Madara s'avance et révèle des vérités qui vont bouleverser le monde de Naruto ! De plus, remontez le temps jusqu'à un tournant dans la vie du jeune Kakashi, alors qu'il se bat aux côtés de ses coéquipiers sous la direction du quatrième Hokage !
Naruto déclare à ses amis son intention de s'attaquer seul à Sasuke, tandis que les doyens de la Feuille prennent une décision sérieuse quant à l'identité de celui qui occupera le siège vacant de Hokage : Kakashi ! Au Mont Myoboku, Gerotora, Fukasaku et le Grand Seigneur doyen débattent de l'opportunité de donner à Naruto la clé du Sceau du Tétragramme que Gerotora détient, un geste qui pourrait potentiellement libérer les Neuf Queues.
Alors que le Village de la Feuille se prépare à la guerre, chaque shinobi et chaque clan doit réfléchir au rôle qu'il jouera dans les batailles à venir. Alors que les camarades de Naruto cherchent à se former auprès de sources surprenantes, Naruto lui-même doit affronter à la fois sa plus grande faiblesse et sa plus grande force : le renard à neuf queues. Pour atteindre une puissance optimale, Naruto doit apprendre à contrôler la bête qui est en lui, il demande donc de l'aide à la seule personne qui a maîtrisé cela, Killer Bee ! Mais le Jinchuriki à huit queues ne veut rien savoir de l'entraînement de Naruto !
La quatrième grande guerre ninja fait rage, et le danger vient de toutes parts. De vieux camarades et ennemis sont sortis de leur tombe sous le contrôle de Kabuto pour combattre les forces alliées. Alors que certains gardent leur calme, d'autres doivent lutter contre leurs émotions. L'entraînement de Naruto l'a rendu plus puissant, mais certains pensent que sa possession des neuf queues fait de lui un danger. Pendant ce temps, Sakura et le Ninja médical font face à un danger unique, car un ennemi pourrait se trouver parmi eux derrière les lignes alliées. Les forces alliées pourront-elles survivre aux assassins et à leurs amis ressuscités pour gagner la guerre ?
Gaara mène la Quatrième Compagnie au combat contre les précédents Kage, dont son propre père. Pendant ce temps, Naruto et Killer Bee font face à Itachi Uchiha ressuscité, qui reconnaît la progression de Naruto en tant que shinobi et son potentiel pour sauver son frère, Sasuke, de son chemin vers la vengeance. Les batailles font rage, et tous doivent affronter des ennemis - ainsi que des amis - qu'ils ne s'attendaient pas à revoir !
Alors que la quatrième grande guerre ninja fait rage, les vagues incessantes de Shinobi ressuscités font des ravages et les forces shinobi alliées sont obligées de continuer à combattre leurs propres amis et camarades tombés au combat. Pendant ce temps, Naruto approfondit sa compréhension de la stratégie de guerre, apprenant à sentir le Zetsu Blanc déguisé qui sème la confusion et la méfiance parmi les forces alliées. Mais tous les efforts et la douleur ne sont pas vains, car Gaara et Ohnoki sont plus près que jamais de découvrir qui est vraiment derrière ce conflit dévastateur. De plus, nous aurons un aperçu du parcours d'entraînement de Naruto avec Jiraiya, et nous rejoindrons la première équipe 7 pour une mission à l'époque où Sasuke en faisait encore partie !
Des années avant de devenir le professeur de Naruto, Kakashi était membre de l'équipe d'intervention de l'ANBU, si impitoyable qu'il a gagné le surnom de "Kakashi au sang froid". Mais malgré sa réputation, il est hanté par la mort de ses amis les plus proches lors de la troisième grande guerre ninja. Alors qu'il lutte contre cette perte, Kakashi doit découvrir qui est à l'origine d'expériences génétiques illégales, survivre aux menaces au sein de sa propre organisation, échapper à la capture par les partisans d'Orochimaru et combattre un jeune shinobi qui possède un redoutable et très rare Jutsu de style bois. Et après ces épreuves, un autre jeune ninja rejoint son unité : Itachi Uchiha !
Avec Kakashi incapable de se rendre jusqu'à Obito, Naruto bondit à la défense de son Sensei. La libération de Ten Tails force les forces shinobi alliées à lancer un assaut contre Obito et Madara, mais la puissante bête à queue s'avère être un ennemi redoutable. La situation est grave, mais les paroles d'Hinata incitent Naruto à poursuivre le combat avec une énergie renouvelée, tandis que l'aide arrive d'endroits inattendus - y compris un vieil adversaire ! Naruto et les efforts des shinobis alliés seront-ils suffisants pour éviter la destruction ?
Dans le même camp une fois de plus, Naruto et Sasuke se préparent au combat alors qu'Obito absorbe le pouvoir des Dix Queues pour devenir le Jinchuriki de la bête à queue. Alors que les autres shinobis assistent impuissants à la scène, Obito invoque l'Arbre Divin et commence à absorber leur chakra pour se préparer à exécuter le Tsukuyomi Infini. Naruto et ses amis doivent rallier leurs alliés désespérés pour vaincre Obito. Mais la bataille finale sera-t-elle vraiment physique - ou sera-t-elle une épreuve de volonté ?
Naruto et les shinobis alliés réussissent à extraire les bêtes à queue d'Obito, laissant Madara comme dernier ennemi à vaincre. Obito se rend compte de son erreur, mais le Zetsu noir l'empêche d'intervenir. La Bête à neuf queues est extraite de Naruto, et lui et Sasuke sont laissés près de la mort. Au milieu de tout cela, l'histoire mouvementée du clan Hyuga et les événements qui se sont déroulés dans le Village de la Feuille pendant que Naruto s'entraînait avec Jiraya sont révélés !
Alors que Naruto et Sasuke sont au bord de la mort, Kakashi et un Obito repenti se préparent à affronter Madara ensemble. Mais Madara a acquis le pouvoir des Six Chemins, et Gai devra peut-être faire le sacrifice ultime et ouvrir la Porte de la Mort afin de le combattre. Mais même cela pourrait ne pas être suffisant lorsque Madara activera le Tsukuyomi Infini, piégeant tout le monde dans un monde de rêve. Cet incroyable pouvoir peut-il être brisé ?